腐爛的有機肥一般需要兩個階段，即一個高溫堆肥腐爛發酵階段和二個老化階段。不穩定的有機物通過腐爛過程和微生物的作用轉化為穩定的腐殖質。它的溫度變化可以決定它是否腐爛。

　　一階段：通過原料基質的比例，肥料堆吸收高氧，產生高溫，可降解揮發性固體，氣味逐漸減少，肥料堆顏色逐漸變化，需要保持良好的曝氣和水分控制。

　　二次堆肥：溫度下降，氧氣吸收率下降，氣味完全消失。

　　與一次堆肥腐爛相比，沒有二次堆肥是不可能的，因為二次堆肥可以降解難降解的有機物，重建嗜溫微生物菌落，有助于有機肥腐爛，減少植物毒性物質，抑制病原體。

　　溫升階段:有機肥腐熟溫升至45℃，主要以放線菌、真菌和細菌為主，主要分解糖和淀粉。甚至有動物和動物都參與其中。

　　高溫階段：腐熟溫度達到45℃以上，嗜溫微生物受到壓制。可溶性有機物繼續被氧化分解，復雜的有機物(纖維素、半纖維素、蛋白質和木質素)也開始分解?！?嗜熱真菌和放線菌);℃左右(嗜熱菌和放線菌);70.℃左右(大多數微生物已不能適應)。

　　腐熟溫度為55℃，這是因為大多數微生物在這個溫度下活躍，容易分解有機物、細菌、蟲卵、雜草種子大多會被殺死。

　　降溫降低階段：嗜溫微生物開始大量繁殖，占重要地位，進一步分解殘留難分解的有機物。此時，微生物活性下降，堆肥腐爛需氧量下降，溫度下降，肥料堆逐漸穩定。