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生物有機肥是一種新型肥料，也是一種可以替代化肥的綠色肥料，在未來有很大的發展空間。
建議使用溝施、在巢穴施用方法中，須在土壤中覆蓋菌肥，以避免陽光直射。紫外線會殺死細菌;此外，不建議使用花卉有機肥，因為加速吸收后菌群會分散，影響施用后的效果。
肥料有很多來源。綜合化學合成肥料來源于礦物，即所謂的無機合成。有機肥料來源于微生物.自然資源，如有機廢物和其他類似材料。
健康、高產的土壤是園藝的主要組成部分。很少有人從一開始就擁有好的園藝土壤。經過幾個生長季節，土壤甚至會耗盡養分和有機保持肥沃土壤的好方法是不斷改善和補充土壤養分。
有機肥料經過充分腐爛的有機肥料效果持久，但也有助于改善土壤顆粒結構。完全腐爛的有機肥料后，就像土壤的營養一樣，可以充分補充土地的營養。
有機肥原料較為廣泛，有一千多種，要了解一種有機肥是不是適用一塊地，首先要了解它的原料是不是適用這塊地。
手捻法：取有機肥料用拇指和食指來回碾壓，若有手捻感，則有沙粒或其它雜質。
現在很多花卉種植都會使用到有機肥，花卉有機肥主要分為四種，一種是農家肥，主要是豬糞、雞糞、羊糞、鴿子糞、牛糞等。其中羊糞、雞糞、鴿子糞是用的比較多的。一種是廚余垃圾發酵的肥料，如淘米水、雞腸、蝦殼、爛葉菜、果皮等。一種是豆餅肥，也就是芝麻餅、豆餅、花生渣、腐熟的黃豆等。一種是現成的有機肥液，它是不需要腐熟的，可以直接澆灌在花卉上。
生物有機肥在施用的時候要因地制宜，一般在豆科作物上施用根瘤菌肥料，養分潛力較高的一些土壤一般施用解磷、解鉀類微生物肥料，生物有機肥不可以在高溫干旱的條件下使用，因為高溫干旱的條件會讓微生物群發生改變，繁殖和生存都會受到影響，盡量選擇晴天的傍晚或者陰天施用，施用后要進行蓋土、蓋糞、澆水，另外生物有機肥不可以與沒有腐熟的農家肥混用，如果混用了可能會因為高溫殺死微生物，從而影響化肥的效果。
有人問生物有機肥可以在沙地使用嗎？答案當然是可以的，現在沙地的基本肥力比較低，保肥性差，雖然沙土提供以很好的肥料，但是見效并不是很快，但是如果在沙地上施用生物有機肥就可以增強土壤的有機質含量，提高保肥能力了，但是沙地在施用有機肥的時候量不可以太多，要不然容易造成燒苗以及營養成分流失的情況，盡量少量多次的施用，這樣對于肥效來說更好。
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